「ご冥福をお祈りします」の意味とは？

「冥福（めいふく・みょうふく）」とは「死後の幸福」という意味です。したがって、「ご冥福をお祈りします」とは「（故人の）死後の幸福をお祈りします」という意味になります。

ちなみに「ご冥福をお祈りいたします」というのは「哀悼の意を表します」や「お悔やみ申し上げます」と同じく、口語体ではなく文語体です。

ですから、これらの言葉は弔電や手紙の中で使われることがふさわしく、お葬式の挨拶の際は冒頭の「ご愁傷さまでございます」「お気の毒さまでございます」を使うのが無難です。